Meet the DCs - Alexandre Bouillon (DC1)

Pro utilise la protéomique proarot à haute température pour les cellules uniques.

Pouvez-vous vous présenter brièvement ? Je suis Alexandon et je suis DC1 dans le projet PO. Je travaille au laboratoire Biobate, qui fait partie de l' Institut interuniversitaire de bioinformatique de Bruxelles. Comme vous l'aurez sans doute deviné d'après mon nom, je suis situé à Bruxelles, capitale de la Belgique. Je suis titulaire d'un master en biologie computationnelle de l'EPFL, où j'ai développé mes compétences en apprentissage automatique et en intelligence artificielle appliquées à la résolution de diverses questions biologiques. De plus, j'ai réalisé de nombreux projets allant de l'analyse de données et de la vision par ordinateur à la modélisation et à la simulation de différents systèmes biologiques. En dehors de la recherche, je suis passionné par l'entomologie, la

randonnée et l'escalade, les jeux vidéo et les jeux en général. Pourriez-vous présenter votre projet et expliquer votre rôle au sein du cadre Pro Hits ? Dans le cadre de mon projet, j'étudie, au niveau des protéines, ce qui rend les thermopiles si résistantes à la température. Pour ce faire, je vais utiliser des données protéiques provenant de bases de données en ligne ainsi que des données expérimentales qui seront générées tout au long du projet. Grâce à toutes ces données, je pourrai créer des modèles d'apprentissage automatique pour prédire des propriétés importantes des protéines, telles que leur stabilité ou leurs vitesses catalytiques, dans un environnement cellulaire soumis à des températures élevées. J’espère que cette approche informatique

nous permettra de faire de nouvelles découvertes et de mieux comprendre comment la vie peut se maintenir dans ces conditions extrêmes. Comment votre projet s'inscrit-il dans le travail des autres centres de recherche ? Bien que je sois DC1, je ne suis pas à la pointe du travail expérimental et du travail d'analyse des données qui auront lieu pendant le projet. Heureusement, j'ai de précieux collègues, des doctorants comme moi, qui veilleront à ce que nous apprenions énormément de choses sur la thermopie. Certains d'entre eux, comme ceux-ci ( six et sept), sont des experts en spectrométrie de masse et ils mesureront la stabilité des protéines grâce au profilage thermique des protéines, ce qui générera les données brutes que j'utiliserai pour entraîner mes modèles.

Mais comme son nom l'indique, ces données doivent être nettoyées avant d'aller plus loin. C'est là que les C3 et C4 joueront un rôle clé, car ils traiteront les données pour les mettre à la disposition de la communauté scientifique au sens large et de moi-même, et identifieront les tendances clés parmi les protéines. Mais ce n'est pas tout. Comme je l'ai dit précédemment, je vais prédire les taux catalytiques, ce qui sera très important pour DC5 qui améliore actuellement les modèles métaboliques génomiques des thermopiles. Quels détachements ou formations avez-vous prévus et quelles sont vos attentes à leur égard ? Durant mon doctorat, les autres doctorants et moi-même suivrons diverses formations conçues sur mesure pour les compétitions professionnelles.

Ils abordent des sujets tels que la biologie des thermopes ainsi que la gestion des données et des projets . J'ai également une certaine liberté pour choisir d'autres formations qui correspondent à mes besoins spécifiques. Par exemple, je prévois de suivre des cours sur le traitement de grandes quantités de données ainsi que d' apprendre à gérer des bases de données. Je n'ai qu'un seul segment prévu à Vienne où je collaborerai avec DC5 pour repousser les limites des modèles métaboliques génomiques pour les thermopiles. Qu’est- ce qui vous a motivé à rejoindre ce projet et qu’attendez-vous avec le plus d’impatience pendant et après votre doctorat ? Plusieurs raisons m'ont initialement poussé à m'engager dans ce projet. Je crois que la principale raison est que j'adore l'idée d'

explorer des formes de vie que nous ne comprenons pas encore complètement. Il y a quelque chose de profondément exaltant à observer la vie qui nous entoure. C'est aussi pour cela que j'ai commencé l' entomologie. Et je crois aussi que ce projet réunit tout ce que j'aime faire au quotidien : la programmation, l'analyse de données et la création de modèles pour tirer des conclusions sur le fonctionnement de la vie. C'est également formidable de participer à un projet d'une telle envergure, ne serait-ce que pour le nombre impressionnant de personnes intéressantes et passionnées qui y travaillent, et je pense que c'est aussi une très bonne opportunité pour un doctorant de pouvoir mener ses recherches en même temps que neuf autres doctorants travaillant sur le même

sujet. Globalement, je pense que toutes les personnes impliquées dans le projet constituent une bonne raison d'y adhérer. J'apprécie particulièrement le fait que nous ayons eu un calendrier précis avant même de commencer les recherches. C'est très rassurant pour un doctorant de connaître l'étendue du projet. Comment comptez-vous vous assurer que votre projet atteindra les résultats escomptés ? Je ferai tout mon possible pour atteindre mes objectifs d'ici la fin de mon doctorat. Euh, je crois aussi que toutes mes expériences passées me seront très utiles pour mener des recherches de qualité, planifier à l'avance et apprendre comment on procède en recherche. Parce qu'avant même de commencer mon doctorat, j'ai dirigé plusieurs projets de recherche à plus petite échelle

dans des environnements comme des hôpitaux, euh, divers laboratoires. C'est là qu'on apprend des choses comme le fait d'avoir des idées tout le temps et de devoir faire le tri entre les bonnes et les mauvaises, celles qui méritent notre temps. On passe aussi beaucoup de temps à lire et parfois on tombe sur des articles clés qui remettent en question tout ce qu'on a fait jusqu'ici, en bien ou en mal, et surtout, je pense que toutes les personnes impliquées dans les projets sont très importantes. Ce que je veux dire, c'est que les poètes regroupent de nombreuses personnes très compétentes et expertes, qui sont là pour nous conseiller et veiller à ce que nous restions alignés sur les objectifs à long terme du projet po.